W celu ułatwienia współpracy różnych programów z KSeF istnieje możliwość wygenerowania/utworzenia tzw. Certyfikatu KSeF, który umożliwia dostęp do danych KSeF poprzez mechanizmy API (dostęp dla programów komputerowych) ze wskazanymi uprawnieniami.
Konwerter także wykorzystuje ten mechanizm i dla pobierania faktur wymaga podania utworzonego wg poniższej instrukcji certyfikatu oraz hasła.
Po zalogowaniu do systemu z lewej strony ekranu wyświetlane jest menu obsługi aplikacji KSeF.
Generowanie certyfikatu dla zewnętrznej aplikacji odbywa się przez kliknięcie w „Certyfikaty”, a następnie „Wnioskuj o certyfikat”. W nowym oknie należy wprowadzić nazwę własną (ważne, aby podpisywać każdy certyfikat np. unikalną nazwą,by w przyszłości łatwiej identyfikować wygenerowane certyfikaty.
Poniżej użytkownik tworzy nowe hasło dla certyfikatu, według zaleceń bezpieczeństwa (ilość znaków, cyfry, znaki specjalne itp.). Potwierdza klikając "Generuj".
W kolejnym oknie system wygenerował i zapisał na dysku lokalnym (w domyślnym folderze pobierania plików przeglądarki internetowej) klucz prywatny. Następnie użytkownik wskazuje Przeznaczenie certyfikatu - "Uwierzytelnianie w KSeF" oraz wybiera datę od której certyfikat będzie ważny. Wybrane opcje potwierdza klikając w "Wyślij wniosek o wydanie certyfikatu".
Należy odczekać chwilę i odświeżyć stronę, system wyświetli informację o utworzeniu certyfikatu. Plik certyfikatu należy pobrać na dysk lokalny klikając w "Pobierz certyfikat".
W skład certyfikatu KSeF wchodzą:
1.Zapisany na dysku plik "nazwa certyfikatu.crt",
2.Zapisany na dysku plik "nazwa certyfikatu.key",
3.Utworzone hasło certyfikatu.
Razem stanowią kompletny certyfikat KSeF i są potrzebne aby zautoryzować zewnętrzną aplikację np. KT Konwerter Księgowy do komunikacji z KSeF. W KT Konwerterze należy wybrać format danych źródłowych "KSeF ver.2", następnie w zakładce ustawienia importu, "Autoryzuj w KSeF" -> "Przejdź do autoryzacji -> zakładka "Certyfikat KSeF". W tym miejscu należy wskazać plik crt, plik key oraz wprowadzić hasło a następnie kliknąć "Autoryzuj w KSeF".